世纪中期，元宪宗蒙哥册封藏传佛教噶玛噶举派首领噶玛拔希为国师，并赐金边黑帽和金印，噶玛噶举派成为当时影响很大、实力雄厚的教派。公元1283年，噶玛拔希圆寂。噶玛噶举派按教规不能婚娶、依靠嫡亲来继承教权，同时也为了避免师徒传承容易造成自立门户、分散力量的弊端，所以噶玛拔希在圆寂前决定采用化身转世的方式，来解决本教派宗教权力的传承和延续问题。他的弟子秉承师命，找来一小孩为噶玛拔希的转世灵童，开创了活佛转世的先河。此后，藏传佛教各教派纷起仿效，相继建立起大大小小数以千计的活佛转世系统。在几百年的转世实践中，形成了较为完备的寻访认定转世灵童的工作规范和运作程序。其中就宗教而言，活佛圆寂后，有凭吊致祭，供奉法体；诵经祷告，祈求降生；打卦问卜，朝观神湖；国内寻访，反复核查；辨认遗物，检验灵童；剃度入寺，授予法名；正式坐床，系统转世等固定的仪轨和制度。

    历史上，由于活佛一般属于寺院的中上层，有些还是教派领袖，他们对西藏地方的政治和宗教生活起着重要作用，是中央政府对西藏行使有效管理的重要力量，所以历代中央政府高度重视对活佛转世的管理。元代忽必烈给八思巴崇高封号，并任命他为帝师，掌管全国佛教事务。明代根据西藏地方教派林立的特点，实行“多封众建，因俗以治”，如藏传佛教著名的“三大法王”━━大宝法王、大乘法王、大慈法王，就是明朝给西藏噶举派、萨迦派和格鲁派领袖的封号。

清朝取得全国政权后，采取了扶持格鲁派来加强对西藏统治的政策。在实施过程中，极大地加强了对活佛及其转世事务的管理，并使之规范化、制度化。1653年，顺治皇帝册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，赐金册金印。1713年，康熙皇帝册封五世班禅为“班禅额尔德尼”，赐金册金印，清朝中央政府正式确认了达赖活佛系统和班禅活佛系统的名号及其地位。由于中央政府的支持，格鲁派大活佛拥有西藏政教大权，因此，特权阶层争夺其转世灵童寻访认定大权的斗争不断发生，贿赂、结党营私、弄虚作假等现象愈演愈烈，一度造成大活佛亲族姻娅、递相传袭、总出一家的结果，也严重影响了社会的稳定。为此，清朝中央政府决定直接掌握大活佛转世灵童的寻访、认定权，以加强管理西藏地方，安定西南边疆。1793年，清朝颁布《钦定藏内善后章程二十九条》，创立金瓶掣签制度并将其列为第一条。规定：“大皇帝为求黄教兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时，邀集四大护法，将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，选派真正有学问活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼像前正式拈定”，“假如找到的灵童仅只一位，也须将一个有灵童名字的签牌和一个没有名字的签牌，共同放进瓶内，假如抽出没有名字的签牌，就不能认定已寻访到的儿童，而要另外寻找。”

1793年建立金瓶掣签制度至清朝末年，在清朝中央政府管理的39个大活佛世系中，先后共认定转世灵童91位，其中76位是经过金瓶掣签认定的，15位转世灵童由于特殊原因，报请中央政府特准“免予掣签”。民国中央政府沿袭了清朝管理大活佛及其转世事务的历史惯例。1935年颁布《管理喇嘛寺庙条例》，1936年颁布《喇嘛转世办法》，并专门制定了达赖、班禅转世灵童征认办法，按照历史惯例和法规，完成了第十三世达赖和第九世班禅的转世事宜。

    从历代中央政府的做法，特别是金瓶掣签制度建立以来的实践看，中央政府管理大活佛转世灵童认定办法的核心内容共五条：（1）大活佛转世事宜由中央主持，驻藏大臣（或中央特派专员）协同西藏地方实施；（2）经中央批准后，西藏地方按宗教仪轨进行寻访，寻访到的候选男童经过甄别灵异，确定三名报中央批准掣签；（3）中央委派驻藏大臣或专员主持仪式和掣签；（4）将中签男童报中央批准后继任，中央特派专员看视灵童并主持坐床典礼；（5）西藏地方报中央批准确定灵童经师、启用前世金印。

    藏传佛教活佛转世的有关宗教仪轨和政府管理活佛转世所形成的历史定制成为各教派活佛，尤其是各大活佛转世系统必须遵循的共同规则，成为确立转世活佛权威性的必要条件，并成为广大信教群众心中的信条。这些制度本身及其实施过程也充分体现出国家主权和中央权威，加强了国家统一和民族团结，维护了西藏社会的稳定，也促进了藏传佛教自身的健康发展，维持和巩固了其在西藏社会中的应有地位。

以上是活佛转世灵童认定金瓶掣签制度的由来。