清朝同治年间，西北的官僚和地主对西北人民施行沉重的田赋。康熙六十一年，当时每正赋银一两之上加征“耗羡”二钱，以为政府办公费和官吏津贴之用。到了嘉庆道光年间，实收的田赋增加到了正规田赋的160%。贫苦农民，无论回汉，已经无法生存。西北地区，清代一直战事不断，自从统治者发动新疆、西藏、金川、镇压白莲教等战役以来，兵差特别繁重。鸦片战争以后，清政府对外割地赔款，对内需要筹措大量军费镇压各地农民起事，因而对农民的苛捐杂税和徭役更为加重。自太平天国江南起事以来，清廷丧失了最大的财政来源，财政压力就被转移到了北方。随着咸丰末第二次鸦片战争爆发，直隶遭受威胁，河南山东捻军的爆发以及云南贵州等地回族战争的加重，其财赋之压力更转移到了西北及山西等地。陕西是西北比较富庶的地区，被视为饷源所在，成为清政府以镇压太平天国的人力、物力和财力的主要基地之一。《清实录》记载：“此时京饷及各军饷粮，均赖山、陕西省接济。”湖北巡抚严树森说道：“陕西为财赋之邦，西、同、凤三府又为精华荟萃，近年用兵各省，皆借陕西协饷聊以支持，即京饷巨款亦多取盈于此。”

陕西防务空虚

当时南方和中原发生太平天国和捻军起义，陕西清军大部奉调南下，陕西清军空虚，后期陕西回族起事匪首十八元帅之一的白彦虎就曾被征召参与镇压太平天国等叛乱。

野心家趁机起事

当时前江西巡抚张芾因母亲去世，丁忧在家，咸丰十一年（1861年）太平军与捻军进逼陕西，清廷起用张芾协办团练抵御。因陕西秦家寨发生回汉冲突，一时间民情激愤。而太平天国、捻军、西南顺天军正在同清军鏖战，清军同以回族为主的云南叛军亦是相持不下。当地富户豪强起事不断。

陕甘回乱暴发

1862年五月张芾调解回汉冲突时被回族杀害，随后回族武装发展迅猛，于1862年6月底围攻陕西省城西安。同年回族马占鳌、马桂源、马文禄等各自在甘肃（省境包括今宁夏、青海）境内起兵，马化龙在金积堡（今宁夏吴忠市境内）起兵。