新疆境内的分裂活动由来已久，恐怖活动是分裂势力进行分裂活动的重要表现形式之一。进入20世纪90年代以后，分裂势力的分裂活动日趋恐怖主义化，其主要原因是新疆分裂势力与国际恐怖势力已经融为一体。
由于地理因素，新疆与中亚相连，因之，新疆分裂势力与国际恐怖主义势力在地缘上靠得很近，受国际恐怖势力的影响，恐怖暴力即成为分裂主义分子进行分裂活动的主要手段。
采用“和平方式”还是恐怖暴力形式进行分裂活动，在分裂组织中曾经有过争论。1997年，中亚地区的“东突”分裂组织召开会议，批判了艾沙的“和平斗争”主张。1999年12月，四十多个分裂组织的代表在土耳其伊斯坦布尔召开会议，统一了认识，要走所谓“暴力建国”、“武装夺取政权”的道路。“东突厥斯坦伊斯兰运动(东伊运)”、“东突青年民主联盟”、“东突解放组织”、“中亚维吾尔真主党”等分裂组织，在其所谓纲领中即明确主张使用暴力。“东突信息中心”等分裂组织，虽然没有在纲领中明确提出要使用暴力，而在分裂活动中却不折不扣地使用了恐怖暴力。这样，分裂势力的分裂活动就与恐怖主义联为一体。分裂势力策划十年内建立一支规模为万人以上的正规军队，在新疆地区实施恐怖战、游击战，甚至正规战。
新疆分裂组织恐怖主义的主要表现：
(1)培养训练暴力恐怖骨干分子
培训方式有基地训练、参加实战等。分裂组织在境外得到本·拉登、塔利班等国际恐怖势力的支持。1999年初，本·拉登会见了“东伊运”头目艾山·买合苏木，许诺提供资金援助，要求其“一切行动与塔利班协调”。2001年2月，本·拉登及塔利班高层人士在坎大哈与“东突”分裂组织达成协议，帮助其训练骨干成员，并承诺负担2001年的活动经费。
本·拉登、塔利班的“基地”曾先后培训了来自10个“东突”分裂组织的一千多名骨干分子。其“基地”设在阿富汗坎大哈、马扎里沙里夫、霍斯特、呼苏提等地，训练项目有爆炸、暗杀、投毒等。所以，20世纪90年代新疆连连发生系列爆炸、暗杀、投毒等案件。在阿富汗及其他国家接受过暴力恐怖训练后潜入新疆的分裂恐怖分子，已被中国警方捕获一百多名。有关国家也向中方引渡、移交了十多名接受过训练在暴力恐怖活动中捕获的“东突”恐怖分子。
“东突”分裂组织在中亚、西亚、阿富汗等地建立了二十余个训练基地，培养训练暴力恐怖骨干。他们得到塔利班、“基地”组织和“乌兹别克斯坦伊斯兰解放运动”等国际恐怖势力提供的大量的武器弹药、交通工具和通讯设备等。
分裂势力尤为注重通过实战培训暴力恐怖骨干，阿富汗、车臣、克什米尔等战场上均有“东突”分裂组织的成员参加实战锻炼。有的加入阿富汗塔利班和“基地”组织，有的则参与了俄罗斯车臣恐怖势力的活动，还有的参加了中亚地区的恐怖活动。1999年8月，“东突”恐怖分子参与了在吉尔吉斯斯坦南部劫持4名日本科学家和吉内务部队高级军官的恐怖事件；2000年两名“东突”分裂组织成员在车臣战争中被俄罗斯军队俘虏，遣返中国；在乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦南部山区，“东突”分子袭击当地政府军，作为恐怖的实战训练。
(2)分裂新疆活动的恐怖暴力化
分裂组织“东突委员会”曾在哈萨克斯坦阿拉木图召集近一百名曾在苏军服役的军官和士兵，策划武装暴力分裂新疆，叫嚣“解放东突厥斯坦不能用和平方式，要靠武力解决”，提出在南疆山区进行“武装割据”。分裂势力得到了在沙特的维吾尔族商人的资助，购买手枪700枝、冲锋枪200枝、机关枪10多挺，还有火箭筒等大批武器。
暴力恐怖分子在新疆实施恐怖活动所使用武器及其爆炸装置等，一部分通过走私偷运。如1998年4月6日，在霍尔果斯口岸，海关与边检部门就在羊毛集装箱中查获军用手枪6枝、折叠冲锋枪l枝、子弹1．9万发、手雷九十余枚。据捕获的罪犯供认，他们是受境外“东突国际委员会”和“东突解放组织”的指派，在此前已有过17次偷运武器弹药入境；大部分暴力恐怖活动的武器，尤其是恐怖爆炸装置几乎都是在新疆境内配置组装的。
新疆境内建立有多处培训暴力恐怖骨干分子的基地。1990年，分裂组织“伊斯兰改革者党突击队”在叶城县伯西热克乡建立训练基地，先后举办了3期训练班，共培训出六十余名恐怖分子，训练内容包括宗教极端主义和恐怖主义理论，爆炸、暗杀等恐怖活动的技能，体能训练等。这批分裂暴力恐怖分子参与了1991年至1993年在新疆各地的爆炸、暗杀、抢劫等重大恐怖活动。
1998年2月，分裂恐怖组织“东伊运”头目艾山·买合苏木派遣数十名门徒潜入新疆，选择荒僻之地建立了十多处训练基地，对一百五十多人进行爆炸技术培训。炸药配方和爆炸装置等技术均由国际恐怖势力提供。同年9月，新疆警方在乌鲁木齐火车北站一仓库里，一次就缴获制爆化学原料二十多种三百多箱，总重量达6吨。
除规模较大的基地外，还有3～5人为一组的大量零散的小型训练点。这些训练点同时也是武器、弹药和爆炸装置的制造窝点，曾被警方查获了多起，有武器弹药制造工场，大量的手雷、手榴弹、雷管、枪支、弹药等。1999年，警方在新疆和田地区7个县市破获分裂恐怖组织“东伊运”建立的数十处秘密训练基地。缴获手雷四千五百多枚，各种枪械98枝以及大量制造工具等。该年12月30日，警方在泽普县波斯喀木乡破获一窝点，缴获一批制造爆炸装置的工具、图纸以及制成的手雷等。
2000年2月25日，警方在莎车县卡琼乡三村抓获7名“东突”分裂恐怖分子，并缴获手雷38枚，电雷管22枚，爆炸装置18个，炸药17千克，拉火管二十多个。2001年8月，警方在库车县乌尊乡色根苏盖提村一恐怖分子家中的地道发现制造武器弹药的各种设备，并缴获了61枚爆炸装置。
1990年至2001年，分裂主义分子在新疆境内杀害各族民众、基层干部、宗教人士共162人，四百四十多人受伤，作案二百余起。作案形式乃是十足的恐怖主义。
①爆炸。针对的是无辜民众，不分民族，不论男女、大人、小孩，受害者惨不忍睹。每次爆炸，造成极度恐怖氛围，严重影响社会和平安宁。1997年2月25日乌鲁木齐市公共汽车连环爆炸案就是最典型的案例。
②暗杀。针对汉族民众、民族干部和爱国宗教人士。暗杀活动恐怖暴力色彩最浓厚。分裂主义分子疯狂杀害维护祖国统一的民族干部和爱国宗教人士，这是分裂与反分裂中最严酷的斗争。此类多起暗杀案件发生在南疆的喀什、阿克苏、和田等地区。
③投毒、纵火。针对的主要是平民百姓，人员受伤害，财产、牲畜等受损，从而制造社会混乱，这是恐怖主义伤害民众的极其卑劣的手段。分裂分子在乌鲁木齐、喀什、和田等地均制造过此类案件。
④策划暴乱。煽动不明真相的群众闹事，将事态引入打、砸、抢、烧、杀等恐怖之中。1990年南疆巴仁乡暴乱，1997年伊宁骚乱等事件，均为典型案例，对社会稳定和人民生命财产安全造成严重危害。
⑤袭击地方政权、公安警察等机构。分裂分子采用恐怖手段袭击我地方基层的政府机关和军警等部门，造成人员伤亡，财产损坏。此类案件在南疆喀什、阿克苏地区发生，被残杀的有最基层的村一级的治安员、管水员，乡一级的副乡长、警察，县一级的法院干部、公安局长。
大量血的事实证明，分裂分子为了达到分裂新疆之目的，采取爆炸、暗杀、纵火、投毒、袭击等恐怖暴力手段，滥杀无辜，极度凶残，无论从什么角度衡量，新疆的分裂组织均为名副其实的恐怖组织。恐怖活动严重危害了中国各民族民众的生命财产安全和社会稳定，并对有关国家和地区的安全与稳定构成了严重威胁。
2001年10月11日，中国外交部发言人在新闻发布会上，首次提及“东突”分子的恐怖活动。这表明中国政府已有确凿的证据证明“东突”分子参与了恐怖主义活动，他们与国际恐怖组织相互勾结，在中国境内和境外制造了多起爆炸、暗杀、投毒、绑架和抢劫等暴力恐怖事件，造成大量无辜平民的死伤和财产损失，这些恐怖活动在中国广大民众中引起了公愤，不仅对中国，而且对整个地区的安全与稳定构成了威胁，中国将同国际社会一道共同反对包括“东突”恐怖势力在内的一切恐怖主义活动，以维护地区和世界的和平与安定。中国政府表示严厉打击恐怖主义活动这一社会公害，不应有双重标准。